Die Initiative für das Museum kam vom Wiesenthal-Zentrum. Das Bauvorhaben wurde bereits 2002 genehmigt, drei Jahre später begannen die Vorbereitungen. Doch Anfang 2006 entdeckten Arbeiter auf dem Bauplatz muslimische Skelette aus alter Zeit. Daraufhin protestierten islamische Organisationen und auch arabische Christen gegen das geplante Toleranzmuseum. Das Oberste Gericht verfügte einen Baustopp, der im Oktober 2008 wieder aufgehoben wurde. Die alten Gräber und die sterblichen Überreste wurden entfernt, berichtet die Tageszeitung "Jediot Aharonot".
Nach dem zweiten Gerichtsentscheid zum Baustopp hatte Scheich Ra´ad Salah eine Pressekonferenz einberufen und mitgeteilt, an der Stätte seien Gefährten von Mohammed begraben. "Das ist ein großer Skandal für die israelische Bürokratie", sagte der Führer der Islamischen Bewegung in Nordisrael damals. "Von welcher Toleranz sprechen Sie? Warum lügen, verzerren und fälschen Sie? Sie begehen ein historisches und religiöses Verbrechen gegen alle menschlichen Werte, die jeder intelligente Mensch unterstützt."
Infolge der aktuellen Genehmigung durch den Ausschuss versandte die islamische Aufsichtsbehörde Wakf einen Protestbrief. Jair Gabai, einer der federführenden Vertreter bei der Entscheidung, sagte hingegen: "Wir müssen dafür sorgen, dass dieses Museum mit der Toleranzlosigkeit und der Hetzkampagne und den Lügen zurechtkommt, die Israels Feinde verbreiten, an ihrer Spitze der Scheich Raed Salah."
Das Bauvorhaben hat bereits alle juristischen Hürden genommen. Nur Formalitäten stehen dem offiziellen Beginn der Arbeiten noch im Wege.
